Il limite dei 5 caratteri è sul codice invio, non sul numero delle fatture. Il codice invio identifica la trasmissione al sistema di interscambio, non ha alcuna correlazione con il numero della fattura. Deve soltanto essere diverso da qualsiasi altro codice invio utilizzato in precedenza, anche negli anni.
Detto questo puoi semplicemente mettere FE010. Ma potresti mettere anche "K7Fa2" o utilizzare un contatore progressivo all'infinito...