L'emissione della fattura elettronica deve avvenire entro 12 giorni dalla data di effettuazione dell’operazione o dal pagamento dell’acconto. Se la fattura elettronica viene emessa o inviata in ritardo, sono previste sanzioni da un minimo del 90% a un massimo del 180% dell'Iva applicabile sull'importo non fatturato, con un minimo di 500 euro. La sanzione si riduce da 250 a 2.000 euro se la violazione non ha inciso sulla corretta liquidazione del tributo.
Per evitare o ridurre le sanzioni, è possibile ricorrere al ravvedimento operoso, che consente di pagare una sanzione minima se il ritardo è limitato e nel frattempo non sono scattati i controlli.