Si può, ma serve un ordine preciso, perché a installazione già fatta Chrome non te lo lascia fare.
Quando installi l'Agenda come applicazione, Chrome le attribuisce l'intero indirizzo e da quel momento non offre più di installare separatamente le pagine che vi stanno sotto: i moduli si aprono soltanto dall'applicazione principale. Non è un difetto dell'agenda, è il modo in cui Chrome tratta le applicazioni web.
L'ordine che funziona è il contrario di quello che verrebbe naturale. Prima disinstalla l'applicazione Agenda Legale, dal menu dell'app stessa, da chrome://apps oppure dalle app installate di Windows. Poi apri in Chrome, una alla volta, le pagine dei moduli che ti interessano — /agenda/appuntamenti/, /agenda/timeline/, /agenda/planner/, /agenda/audit/ — e per ciascuna, dal menu dei tre puntini, scegli «Salva e condividi» (o «Altri strumenti») e poi «Crea scorciatoia», dandole un nome e spuntando «Apri come finestra»: nasce un'icona autonoma, che puoi tenere sul desktop o fissare alla barra delle applicazioni. Infine, quando hai creato tutte quelle che vuoi, torna sull'indirizzo dell'Agenda e reinstalla l'applicazione principale.
Fatto in quest'ordine le icone dei moduli restano e convivono con l'Agenda. Fatto al contrario, l'opzione non compare proprio.