Se non lo avevi fatturato puoi aggiungere una voce in fattura del tipo "A detrarre acconto del gg/mm/aaaa" e l'importo imponibile con valore negativo.
Più correttamente (secondo me) gli acconti vanno fatturati uno per uno al momento dell'incasso. L'ultima fattura sarà a saldo ma non c'è bisogno di fare riferimento ai pagamenti in acconto.
