Il rinvio ex art. 168-bis, quarto comma, non è un differimento discrezionale ma uno spostamento che opera d'ufficio, e l'udienza di prima comparizione diventa a tutti gli effetti quella nuova. Quando il giudice, nel decreto ex art. 171-bis, conferma l'udienza "eventualmente modificata ex art. 168-bis, quarto comma", a mio avviso sta proprio dando atto che la data di riferimento è quella rinviata dalla cancelleria e non quella ormai superata dell'atto di citazione. Direi quindi che i quaranta, venti e dieci giorni dell'art. 171-ter si contano a ritroso dalla nuova data, anche perché le memorie servono a preparare l'udienza che si terrà davvero e ancorarle a una data che non esiste più non avrebbe molto senso.
Detto questo capisco il dubbio, perché la formula del decreto letta isolatamente sembra dire un'altra cosa e in giro le prassi non sono uniformi. Nel dubbio farei la cosa banale ma sicura, cioè calcolare i termini dalla data originaria indicata in citazione, che essendo anteriore produce scadenze più anticipate. Depositare in anticipo non comporta alcuna decadenza, il contrario sì, e con le memorie integrative la decadenza è secca.
Ricorda poi che, trattandosi di termini a ritroso, se la scadenza cade di sabato o in giorno festivo si anticipa al precedente non festivo ai sensi dell'art. 155, quinto comma, c.p.c., e che va considerata l'eventuale sospensione feriale. Se il margine è stretto e la cosa ti preoccupa, un'istanza di chiarimenti al giudice costa poco e toglie di mezzo il problema.