Ti rispondo sul piano giuridico, visto che hai messo la domanda sotto la voce penale, e la risposta è che quello che descrivi non c'entra nulla con il reato che temi. La norma di riferimento è l'art. 1 della legge 475/1925, che punisce chi presenta come propri lavori che sono opera di altri. Il presupposto è che la tesi l'abbia scritta qualcun altro, e non è affatto il tuo caso. Citazioni dimenticate, riferimenti bibliografici sbagliati o incompleti, virgolette usate con abbondanza sono imprecisioni redazionali, non appropriazione dell'opera altrui, e un 8% di similarità è un valore del tutto fisiologico.
Anche sul piano disciplinare interno all'ateneo direi che puoi stare tranquillo. I regolamenti sanzionano il plagio vero e proprio, cioè la riproduzione di parti sostanziali spacciate per proprie, non la sciatteria nell'apparato di note, che al più incide sul voto e sul giudizio della commissione. E il fatto che la relatrice abbia riscritto introduzione e conclusioni cambiando la forma è normale attività di supervisione, non toglie a te la paternità del lavoro.
L'unica cosa che segnalerei davvero è il metodo di campionamento indicato nella metodologia ma non effettivamente utilizzato. Lì non è questione di plagio, è questione di accuratezza della descrizione di quello che hai fatto, e se in discussione un commissario ti fa una domanda su quel metodo rischi di trovarti in difficoltà. Poiché ti è stato chiesto dalla relatrice, ne parlerei con lei prima della seduta e proverei a farlo correggere o quantomeno a chiarire come vada inteso, così arrivi preparato anziché scoperto.
