L'applicazione inserisce automaticamente l'imposta di bollo quando serve. Hai un feedback in tal senso già durante la compilazione del form dove, sotto il "totale documento", apparirà "imposta di bollo assolta in modo virtuale ex DM 17/06/2014".
Quindi non devi fare nulla se non selezionare il regime forfettario.
Nel blocco personalizzazioni è poi sempre possibile forzare "soggetto/non soggetto".
Ad ulteriore conferma, aprendo con un qualsiasi editor di testo il file .xml della fattura generata, troverai il blocco:
<DatiBollo>
<BolloVirtuale>SI</BolloVirtuale>
<ImportoBollo>2.00</ImportoBollo>
</DatiBollo>