Qualche volta capitato anche a me, sembra dipendere da alcuni PDF che non vengono riconosciuti completamente forse perché malformati. Io ho risolto stampando su PDF il PDF stesso incriminato. In pratica lo apri, vai su stampa e selezioni una stampante virtuale PDF o quella di microsoft. Ottieni in questo modo un PDF pulito che non dovrebbe avere problemi ad essere trattato.