Se l'errore è stato che hai fatturato, faccio un esempio, 100 euro come base imponibile invece che come spese escluse IVA, non credo possano esserci conseguenze particolari dato che vai a pagare addirittura imposte non dovute. Diciamo che la conseguenza, semmai, è proprio questa.
Senti il commercialista se puoi emettere nota di credito e rifatturare correggendo l'errore