Hai ragione sul principio. Il conduttore deve servirsi della cosa locata con la diligenza del buon padre di famiglia e per l'uso stabilito nel contratto, e usare un bagno di notte rientra pacificamente nell'uso abitativo normale. Il proprietario non può integrare il contratto a posteriori con regole che non ci sono, e men che meno assegnare a ciascun componente della tua famiglia quale sanitario utilizzare. Se il contratto tace, tu disponi dell'appartamento per intero.
Il limite esiste ma è un altro, ed è quello dell'art. 844 c.c., cioè la normale tollerabilità delle immissioni, da valutare tenendo conto della condizione dei luoghi. In una bifamiliare, con un bagno costruito sopra una camera da letto, il rumore di uno scarico notturno è un inconveniente che dipende dalla struttura dell'edificio e non da un tuo comportamento abusivo, e a mio avviso resta ampiamente nella soglia della tollerabilità. Sul piano penale poi il discorso non si pone nemmeno, perché l'art. 659 c.p. richiede che il disturbo sia idoneo a raggiungere un numero indeterminato di persone, e qui i disturbati sono due.
Sulla minaccia di non rinnovare, che immagino sia la cosa che ti preoccupa davvero, dipende dal tipo di contratto ma in genere la sua posizione è più debole di quanto lasci intendere. Nei contratti a canone libero, alla prima scadenza il locatore può negare il rinnovo solo nei casi tipici elencati dall'art. 3 della legge 431/1998, e il fastidio per i rumori non è tra questi. Se ci prova fuori da quelle ipotesi, la disdetta è inefficace, e se invocasse un motivo di quelli tipici senza poi rispettarlo ci sono conseguenze anche risarcitorie a suo carico.
Fatta questa premessa, e proprio perché la ragione ce l'hai, la userei con leggerezza. Vivere sopra il proprietario per qualche anno con il muso duro è faticoso, e qui una soluzione tecnica costa meno di una lite. Un intervento sullo scarico o sulla cassetta abbatte quasi sempre il rumore, e la spesa compete a lui trattandosi di un problema strutturale dell'immobile. Glielo proporrei per iscritto, cortesemente, mettendo agli atti la tua disponibilità e il fatto che il difetto è dell'edificio: se poi la questione dovesse degenerare, quella lettera è il documento che ti tornerà utile.