Il Comune probabilmente si accorgerà dell'errore e la rifiuterà (codice EC02). Meglio però se contatti direttamente l'ufficio presposto e chiedi espressamente che te la rifiutino spiegando l'errore.
Se dovessero trascorrere più di quindici giorni oppure se la dovessero accettare comunque, dovresti emettere una nota di credito. Viceversa con un rifiuto tempestivo potrai semplicemente inviare la fattura corretta. Mi raccomando, cambia il codice invio altrimenti il Sistema di Interscambio te la scarterà.
Se usi fpa.dirittopratico.it che è pensato per i professionisti, devi aprire il blocco personalizzazioni e forzare "non soggetto RA".