Mi sono riletto la guida (il wiki)
www.fatturapa.gov.it/export/fatturazione/it/c-11.htm
Spiego meglio la mia perplessità.
Il progressivo univoco del file
deve coincidere col numero della fattura?
ho risolto da solo rileggendo meglio (scrivo per qualche distratto come me):
no, il numero della fattura è un campo ("Numero documento") che sta nella sezione 4 ossia Corpo del documento.

Pertanto il "Codice di invio" (sezione 1 Dati relativi alla trasmissione) deve variare a ogni invio tranne per gli invi di scarto a causa del nome.
Mentre il n. fattura è indipendente. Infatti, per fare un esempio, la fattura n.51 può essere una fattura elettronica da inviare ad una scuola, mentre la 87 può essere una fattura normale fra privati.

Ok procedo come mi hai indicato.
Per quanto riguarda invece il numero della fattura.
In verità è accaduto questo:
- ho generato la fattura
- ho firmato con firma elettronica
- il software aruba mi ha aggiunto _signed
- ho inviato all'indirizzo PEC ma mi ha dato un prmo scarto dicendo che c'era un problema di nome
- ora ho inviato il file senza _signed ma firmato XadES
- mi risponde con l'errore che ti ho detto

Prima domanda
Ora leggevo sulla guida che per lo scarto per il nome del file non è necessario un nuovo numero di fattura.
Mentre ora per lo scarto per il tipo di firma immagino di sì. Dico bene?

Seconda domanda
Se devo fatturare come n.02 allora la n.01 devo annullarla? Devo chiedere al commercialista? come procedo?

Dimenticavo: reimportando la fattura rivedi le personalizzazioni (in particolare "non soggetto RA") perchè l'impostazione di default prevale...

Buongiorno Fabrizio, scusami per non averci pensato subito ("Cannot find the declaration of element 'Envelope'" avrebbe dovuto suggerirmelo...).
Firma la fattura in CadES (.p7m) invece che XadES e vedrai che risolvi...
Per sicurezza reimporta la fattura, modifica il codice di invio, rigenerala, scaricala, firmala in CadES e ritrasmettila.
Purtroppo con la firma XadES ci sono sempre stati problemi, in proposito trovi qualcosa anche sul forum e sulla guida.

Per cominciare grazie davvero per la tua disponibilità.
Ho appena inviato la fattura tramite il modulo.

Per aiutarti dovrei esaminare il file xml della fattura in questione. Se vuoi puoi inviarmelo in privato tramite il modulo contatto.